Sofocada la revuelta en el sur de Egipto, Ptolomeo VI y su sucesor Ptolomeo VIII retomaron el control de la Baja Nubia. En Debod, estos monarcas ampliaron el primitivo santuario construido por Adijalamani, dotándolo de nuevas capillas, una terraza y un pilono. La simple capilla original había dado paso a un pequeño, pero completo templo egipcio. Ptolomeo VIII consagró allí un sagrario monolítico para guardar una estatua de la diosa Isis, completado después por otro dedicado a Amón de Debod, ofrendado por Ptolomeo XII. De los dos, sólo el segundo se conserva hoy en su capilla, pues el primero desapareció durante el siglo XIX. Ptolomeo Roma conquistó Egipto en el año 30 antes de Cristo, tras la victoria del fututo emperador Augusto sobre Marco Antonio y la reina Cleopatra. En el sur, las legiones romanas continuaron guerreando diez años contra el reino de Meroe, hasta que la firma de un tratado de paz estableció unas fronteras estables entre ambos reinos. Muy pocos años después, el vestíbulo y la fachada principal del templo de Debod fueron decorados con escenas en las que aparece representado Augusto. También en época romana se construyeron un tercer pilono, una vía procesional y un embarcadero, así como una capilla, que se ha interpretado como un mammisi, lugar donde se realizaban los ritos del nacimiento del dios niño. Augusto En el año 635, los templos de Filé fueron clausurados al culto pagano y los pequeños templos de la Baja Nubia vinculados a la diosa Isis, entre ellos Debod, cerrados y abandonados. Egipto y Nubia desaparecieron para el mundo occidental durante más de mil años, hasta que en el siglo XIX viajeros y aventureros redescubrieron para Europa sus antiguos monumentos.